As Trace Flags alteram o comportamento da instância, database ou sessão de usuário, quanto ativas.
Elas podem ser resultado de um "workaround" (contorno/solução) de algum "bug" conhecido, ou terem sido recomendadas pelo suporte da Microsoft, ou simplesmente porque o DBA/programador estão fazendo alguma experimentação no banco de dados.
Em todo o caso, elas só deveria estar ativas por algum motivo bem específico e devidamente fundamentado.
Faz parte do check-list do DBA verificar quais flags estão ativas, principalmente em um ambiente desconhecido, para apurar possíveis causas de problemas.
Isto pode ser feito executando-se o comando abaixo:
DBCC TRACESTATUS
A lista completa (e em crescimento) de trace flags pode ser encontrada aqui, num belíssimo trabalho de compilação da descrição e fonte de referência para as mesmas:
http://www.sqlservice.se/updated-microsoft-sql-server-trace-flag-list/
Abcs!